El Santos Futebol Clube fue creado por iniciativa de tres deportistas locales, Francisco Raymundo Marques, Mário Ferraz de Campos y Argemiro de Souza Júnior. Invitaron a todos los interesados a asistir a la reunión inaugural del nuevo club, que se creó para dedicarse a la práctica del fútbol, el cual, a principios del siglo pasado, era incipiente en Brasil.

La histórica reunión tuvo lugar el domingo 14 de abril de 1912 por la tarde en la sede del Club de la Concordia, en la antigua Rua do Rosário, 18 (hoy Rua João Pessoa, 8/10). Los 39 participantes en esa reunión se consideran socios fundadores.

El día de su fundación, el nombre de la organización fue sugerido por Edmundo Jorge de Araújo: Santos Foot-Ball Club, y los colores del uniforme, que sería presidido en el primer año por Sizino Patusca, eran azul y blanco, con hilos dorados en el medio.

El 31 de marzo del año siguiente, los colores del Club, a sugerencia de Paulo Peluccio, cambiaron por un pantalón blanco y una camiseta a rayas blancas y negras. El Consejo Deliberante del Club comenzó el 28 de enero de 1932 y el primer presidente fue Flamínio Levy.

Al comienzo de su gloriosa trayectoria, se incorpora al club Urbano Vilella Caldeira Filho, un hombre que dedicó toda su vida al equipo que tanto amaba hasta su muerte en 1933. Urbano Caldeira fue atleta, entrenador y directivo y hoy es uno de los patronos del Santos Futebol Clube. El estadio que se construyó en 1916 lleva su nombre en reconocimiento a su amor por Alvinegro Praiano.

Los primeros logros importantes en la historia del equipo comenzaron en 1913 con el campeonato del Estado de São Paulo, ganándolo de nuevo en 1915, jugando con el apodo «União Futebol Clube» impuesto por los directivos de la Associação Paulista de Esportes Atléticos (Asociación de Deportes Atléticos de São Paulo).

En 1927, el equipo introdujo un ataque que nunca ha sido superado en el campeonato de São Paulo hasta la fecha, anotando un promedio de 6,25 goles por partido y llegando a ser conocido como el equipo del «ataque de los 100 goles». Este ataque estaba formado por Omar, Camarão, Feitiço, Araken y Evangelista.

El primer campeonato paulista conquistado por el club es el de 1935, título ganado en la casa del adversario en la capital paulista. El equipo volvió a ganar el Campeonato del Estado de São Paulo en 1955 y 1956 y lo hizo de nuevo en 1958 cuando ya tenía en sus filas a un joven jugador conocido como Pelé, que en los años siguientes se convertiría en el mejor futbolista de todos los tiempos.

En la llamada «Década de Oro», en los años 60, el equipo conquistó el mundo mostrando un fútbol digno de aplauso, con constantes logros, no solo en el fútbol brasileño, sino también en todo el planeta. La mayor coronación de este equipo emblemático de la ciudad de Santos ocurrió en 1962 cuando el Alvinegro más famoso del mundo ganó todas los partidos más importantes celebrados ese año y al año siguiente se convirtió en bicampeón del mundo. La FIFA le otorgó el título de «Mejor equipo del siglo en América».

Hoy en día, el Santos Club de Fútbol es considerado el legítimo octocampeón brasileño por sus logros nacionales de los años 1961 a 1965, 1968, 2002, y 2004. En los campeonatos paulistas, hubo 22 conquistas; en la Copa Libertadores da América, hubo 3 victorias y en las Copas del Mundo Interclubes, hubo otras dos victorias. Con jugadores como Araken Patusca, Antoninho, Pelé, Robinho, Paulo Henrique Ganso y Neymar, el equipo sigue siendo un orgullo para todos los alvinegros en sus 111 años de historia.