En 1915, el Santos FC adoptó el alias de União FC, para poder competir en el Campeonato Santista. Con la nueva nomenclatura, se creó un nuevo escudo y, en 1915, los Santos utilizaron provisionalmente un escudo con las iniciales U.F.C. sobre fondo negro.
A principios de los años 40, concretamente en 1942, se creó un nuevo escudo con las letras SFC entrelazadas sobre un fondo blanco. El escudo no recibió los mejores elogios y se utilizó hasta 1944.
El emblema actual apareció en 1925. Las estrellas sobre el escudo se insertaron en 1968, en representación de los logros del bicampeonato de 1962-1963. Antes de 1925, el Santos FC no utilizaba una insignia en sus camisetas (excepto en 1915, debido al FC Unión).