O futebol para amputados começou a ser desenvolvido na década de 80, ainda fora do Brasil, com o objetivo de promover a inclusão. A prática, à época, surgiu como uma alternativa que viabilizava a prática do tradicional esporte para pessoas amputadas. O Brasil se destaca na modalidade, sendo quatro vezes campeão do mundo (1999, 2000, 2001 e 2005), e o Santos FC passou a ter oficialmente uma equipe representando o futebol de amputados em 2026.

A participação do Clube na modalidade é uma parceria entre o Santos FC e o NUMEC (Núcleo Metropolitano de Esportes e Cidadania), empresa do 3º setor que trabalha para Pessoas Com Deficiência na área de reabilitação dos esportes e modalidades de esportes de rendimento e social.

Atualmente, a equipe é formada por: Alexandre Junior, Edinaldo Ferreira, Eliel Costa, Feliciano Filho, Francisco Silva, Igor Araujo, Isac Silva, Jeremias Pereira, Kleidson Reis, Luciano Silva, Marcelo Macedo, Rafael Azevedo, Walter Santos, Wellington Santos, Willame Souza, Willame Rodrigues, treinados por Leandro Sergipe.